Модель нейкеда Honda CB650R впервые была представлена в 2018 году на выставке EICMA в Милане. Мотоцикл позиционировал себя как преемник Honda CB650F (хотя она всё еще была доступна параллельно) и младшая модель в новой линейке Neo Sports Café, где главной моделью выступала флагманская Honda CB1000R. Все мотоциклы этой линейки получили общие черты старшей CB1000R.
В отличие от CB650F, новая модель Honda CB650R получила целый ряд отличий:
Внешний вид. Общие черты и стилистика с Honda CB1000R.
Двигатель. Увеличил степень сжатия (11.4 → 11.6:1), повысил максимальную мощность (90 → 95 л.с.).
Подвеска. Классическая вилка была заменена на перевернутую Showa SFF (Separate Function Fork).
Тормозная система. Главным изменением стало использование 4-поршневых радиальных суппортов Nissin. Диаметр тормозных дисков уменьшился: 320 → 310 мм.
Топливный бак. Максимальная ёмкость уменьшилась: 17,3 л → 15,4 л.
Снаряженная масса. Была снижена на 5 кг.
Электронные опции. В базовой комплектации стала доступна система трекшн контроля — HSTC ( Honda Selectable Torque Control). Опционально доступна система квик-шифтинга.
Двигатель Honda CB650R представляет собой рядный 4-цилиндровый блок жидкостного охлаждения, объемом 649 см³, выдающий 95 л.с. мощности и 64 Нм крутящего момента. Максимальные характеристики — с 8500 до 12000 об/мин.
В декабре 2020 года компания Honda представила новую модель CB650R 2021 модельного года. Помимо изменений цветовой схемы, мотоцикл получил немного измененный пластик и оптимизированную приборную панель (изменения коснулись улучшения читаемости за счет оптимизации шрифтов и подсветки).
В конце 2023 года Honda представляет новую CB650R, получившую обновленную LED-фару, 5-дюймовый цветной TFT-дисплей с системой Honda RoadSync Connectivity и новейшую фирменную систему E-Clutch, доступную в качестве опции. Система E-Clutch позволяет трогаться с места, переключать передачи вниз и вверх без использования рычага сцепления.